2.2 从 R 起步

下载并安装 R 和 RStudio 。虽然 Rstudio 并非必须但它是一个很好的工具，如果你刚刚开始学习 R 非常建议你使用 Rstudio 进行学习，你需要特定的数据集来运行本文档中的代码。下载 data.zip 并将其解压到你选择的目录，文件夹名称应该是‘data’，你的 R 工作目录应该在 data 文件夹上一层级，也就是在你的 R 控制台中输入 dir("data") 时，应该能够看到数据文件夹的内容。

你可以通过 setwd() 命令更改工作目录，使用 getwd() 命令获取当前工作目录。在 RStudio 中也可以单击顶部菜单并通过可视化的操作来更改工作目录的位置。

译者注： 目前实际并没有 data.zip 这个数据，本书中使用到的数据可以通过 devtools::install_github("compgenomr/compGenomRData") 进行安装。

同时我也把这个数据包上传到了网盘，你可以下载后在本地通过 install.packages("~/Desktop/compGenomRData.tar.gz", repos=NULL,type="source") 进行安装

网盘链接: https://pan.baidu.com/s/1y8R4b1O1u6Q_5GR1OHGtKQ 密码: 24mh

备用链接：https://kaopubear.cowtransfer.com/s/f872844c5b0346 密码：kaopubaer

2.2.1 安装包

R 包可以理解为基础 R 的附加内容，可以帮你实现基础 R 中不直接支持的任务。正是通过这些扩展包才让 R 成为适合计算基因组学的工具。Bioconductor 项目是计算生物学相关软件包的专用库，同时 R 的主包存储库 CRAN 也有计算生物学相关的包。除此以外，R-Forge，GitHub 和 googlecode 也可能托管了部分 R 包。

你可以用 install.packages() 安装 CRAN 包(需要说明， # 是 R 中的注释字符)。

# 从 CRAN 安装名为 "randomForests" 的 R 包
install.packages("randomForests")

你可以使用特定的安装方法来安装 bioconductor 包。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("rtracklayer")

可以使用 devtools 的 install_github() 函数从 github 安装软件包。

library(devtools)
install_github("hadley/stringr")

译者注：从 GitHub 或者 Bitbucket 等地方安装 R 包，还可以借助 remote 包进行安装。Remote 本身可以理解为 devtools 一系列 install_* 函数的精简版本。remote 同时支持下载 bioconductor 包。

安装软件包的另一种方法是从源代码进行本地安装。

# 下载源文件
download.file("http://goo.gl/3pvHYI",
               destfile="methylKit_0.5.7.tar.gz")
# 从源文件安装包
install.packages("methylKit_0.5.7.tar.gz",
                 repos=NULL,type="source")
# 删除源文件
unlink("methylKit_0.5.7.tar.gz")

你还可以更新 CRAN 和 Bioconductor 包。

# 升级 CRAN 包
update.packages()
# 升级 bioconductor 包
BiocManager::install(update = T)

2.2.2 在自定义位置安装包

如果你在服务器或集群上使用 R，那就不太可能拥有管理员权限来安装包。在这种情况下可以通过告诉 R 在哪里寻找额外的包来自定义位置。

打开你家目录中的 renvironon 文件，并添加以下行:

R_LIBS=~/Rlibs

这句命令将告诉 R 家目录的 'Rlibs' 目录是查找包和安装包的第一位置选择，接下来你应该去创建那个目录然后启动一个新的 R 会话并开始安装包。这之后的 R 包将被安装到你具有读写访问权限的本地目录中。

译者注：关于 R 的相关配置和在 macOS 中的安装，可以参考译者早前写过的两篇文章 R 安装升级后的若干规定动作 和 macOS 10.15 安装 R 包 。

2.2.3 获取有关函数和包的帮助信息

你可以通过 help() 和 help.search() 函数获得有关函数的帮助文档。也可以用 ls() 函数列出一个包中的函数

library(MASS)
ls("package:MASS") # functions in the package
ls() # objects in your R enviroment
# get help on hist() function
?hist
help("hist")
# search the word "hist" in help pages
help.search("hist")
??hist

2.2.3.1 需要更多帮助？

此外，你还可以检查包的 vignette 以获得帮助和对函数更深入实际的理解。所有 Bionconductor 包都有 vignette 来引导你完成示例分析。学会搜索也总是有帮助的，有许多博客和网页上都有关于 R 的帖子，Stackoverflow 和 R-blogger 通常是优秀和可靠的信息来源。